澎湖縣位於台灣海峽的群島，對外交通全須仰賴海、空運輸，其中又以航空運輸為最主要的交通工具，目前開闢台灣─馬公航線的航空公司有
遠東
、
立榮
、
復興
、
華信
達三十餘班，分別從台北、台中、台南、嘉義、高雄起飛；每天上午七、八點左右就有飛機飛往馬公，票價從1350~1700元不等。觀光旺季或年節，還會視旅客需求增加班次。
馬公
台北每天往返約有40班航班
馬公
高雄每天往返約有16班航班
馬公
台中每天往返約有26班航班
馬公
嘉義每天往返約有4班班次
馬公
台南每天往返約有8班班次
馬公
七美每天往返約有2班班次
七美
高雄每天往返約有2班班次
望安
高雄每天往返約有2班班次
以上航班時有變動，行前請洽服務中心。
航線
航空公司
時間
馬公
台北
遠東 立榮 復興
50分
馬公
高雄
立榮 復興 華信
30分
馬公
台中
立榮 華信
35分
馬公
嘉義
立榮
30分
馬公
台南
立榮
30分
馬公
七美
華信
15分
七美
高雄
華信 立榮
35分
航空公司
查詢與定位專線
：
復興航空(www.tna.com.tw)
遠東航空(www.fat.com.tw)
台北(02)29724599
高雄(07)3359355
台北(02)33935388
高雄(07)3371388
馬公(06)9228888
馬公(06)9249388
立榮航空(www.uniair.com.tw)
華信航空(www.mandarin-airlines.com)
台北(02)25185166
高雄(07)7911000
台中(04)26155088
高雄(07)8026868
馬公(06)9228999
嘉義(05)2862363
馬公(06)9228688
七美(06)9228688
台南(06)2602811
台中(04)26155199
註：旅遊交通資訊時有變動，行前請洽服務中心，或洽
馬公航空站
(06)9212110
台北每天往返約有40班航班